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Le projet de séquençage Haut Débit de l’IUH au service de la médecine personnalisée

Lors de la publication il y a plus de 10 ans du génome humain complet par le Human Genome Project, un effort collaboratif international sur la période 1990-2003, la question suivante a été posée : cette gigantesque quantité d’information pourrait-elle aider la médecine à personnaliser sa pratique en fonction de chaque patient, de telle sorte qu’on puisse prédire, contrôler ou guérir des maladies telles que le cancer ? On pouvait en douter par le fait qu’il en aurait coûté, avec les techniques utilisées en routine en 2003, quelque 30 millions de d’euros pour le séquençage du génome d’un individu.

Le besoin impératif de trouver des moyens moins coûteux et plus rapides d’effectuer le séquençage complet de génomes a initié le développement du « séquençage nouvelle génération » (NGS, Next Generation Sequencing) par plusieurs sociétés de biotechnologies et qui permet désormais de séquencer un génome humain en 11 jours pour moins de 6000€ (3000€ annoncés en 2013).Ces progrès technologiques ont un impact majeur sur la recherche en génomique et par extension sur la recherche biomédicale, en particulier dans le domaine du cancer.

Les thématiques de recherche abordées par le Pôle de Génomique de la Plateforme Technologique de l’Institut Universitaire d’Hématologie concernent principalement les hémopathies malignes (leucémies) et la technologie dite de ‘‘puces à ADN’, installée en 2005 grâce au soutien de l'Association Saint-Louis, nous a permis d’analyser des cohortes de patients dans plusieurs projets phares de l’IUH. Apres démonstration sur plusieurs années d’un savoir faire expérimentale et scientifique avec cette technologie de «puces à ADN », la direction de l’IUH et son conseil scientifique on constaté que le développement du pôle de génomique de la Plateforme Technologique passait par l’adoption du séquençage haut-débit. Le pôle de génomique proposera ainsi aux chercheurs du site l’accès à une technologie de pointe pour poursuivre le développement de projets de génomique orientés vers les hémopathies malignes.

Les technologies de séquençage à haut-débit révolutionnent de nombreux domaines de la génétique moléculaire et leurs applications couvrent tout les des domaines de la génomique, permettant de séquencer pour dans un laps de temps court et pour un coût raisonnable un génome humain entier ou des portions ciblées de cohortes de patients simultanément. A terme, cette technologie de séquençage du génome sera utilisée dans le diagnostique chez les patients et permettra de mettre en évidence des facteurs génétiques impliqués dans le développement d’hémopathies malignes et toute autre forme de cancer.

Le pôle de génomique de la plateforme technologique de l’IUH a fait l’acquisition d’un nouveau SÉQUENCEUR HAUT-DÉBIT de dernière génération, l’HI-SEQ 1000, fournit par la société ILLUMINA. Il est opérationnel depuis Mars 2012 et son achat à été financé par le soutient à part égale de l’Association Saint-Louis, de la Fondation pour la Recherche Médical, et de l’Institut National du Cancer (InCa). Les projets de séquençage sont nombreux sur le site et concernent en premier lieu les hémopathies malignes (LMC, LLC; LAL, LAL-T et LAM) mais aussi d’autres domaines proches des préoccupations de notre Institut (cancer du sein, analyse fonctionnelle des facteurs d’histocompatibilité (HLA)).

Il conviendra de développer par recherche transversale avec les cliniciens les meilleures stratégies spécifiques dans le domaine de l’hématologie en particulier et en oncologie en général. Apres développement sur les cohortes de l’hôpital Saint-Louis, c’est une véritable approche de médecine personnalisée que cette technique rendra possible, avec une prise en charge individualisée du patient avec un suivi de l'évolution des traitements thérapeutiques. Malgré les difficultés que ce projet ambitionne de surmonter, nous considérons que l’IUH est l’endroit idéal pour faire progresser cette discipline naissante et prometteuse.

Dr Niclas SETTERBLAD